Die erste sichere Erwähnung einer Kirche in Lörrach findet sich in einer Urkunde des Bischofs von Basel aus dem Jahre 1102. Die Schirmherrschaft wurden den Herrn von Rütteln übertragen. 1556 wurde in der Stadtkirche die erste lutherische Predigt im Markgräflerland gehalten, bevor am 1. Juni desselben Jahres durch eine neue Kirchenordnung des Markgrafen die Reformation eingeführt wurde. Mit der Zerstörung der Burg Rötteln durch die Franzosen 1679 gewann die Lörracher Pfarrei an Bedeutung, da die weltliche und geistliche Verwaltung der Herrschaft Rötteln nach Lörrach zog.
Die bei der Gründung des Großherzogtums Baden vorhandenen unterschiedlichen protestantischen Glaubensrichtungen – reformiert in der Pfalz und lutherisch in den ehemaligen markgräflich badischen Gebieten – wurden 1821 zur evangelischen protestantischen Landeskirche vereinigt. Im Jahr 1900 wurde die Lörracher Kirchengemeinde aufgrund der Bevölkerungszunahme in Nord- und Südpfarrei aufgeteilt. 1949 wurden diese beiden Pfarreien in Johannes- und Matthäuspfarrei benannt. Nach Errichtung von Kirche und Pfarrhaus für die Johannesgemeinde im Jahr 1977 an der Dammstraße wurden Stadtkirche und Pfarramt an der Baslerstraße zum Sitz der Matthäuspfarrei.
